小孩半夜发烧39度可通过多种方式处理，包括药物退烧、物理退烧，严重者需及时就医。
一、药物退烧：小孩半夜发烧39度属于高烧，情况较为严重。若家中备有退烧药，如布洛芬颗粒或对乙酰氨基酚，可以给孩子服用，这些药物能起到解热镇痛的作用，帮助退烧，促使体温逐渐恢复正常。
二、物理退烧：在进行药物退烧的同时，还可结合物理退烧方法来辅助。1.可以用热毛巾擦拭腋窝、腹股沟等部位，这能有效散热。2.要避免给孩子盖得过厚，以免影响散热效果。3.还需及时补充水分，以预防脱水。
三、就医：如果发烧状况很严重或是出现了高热惊厥，那最好尽快前往医院急诊科就诊，配合医生采取适宜的治疗措施。
总之，小孩半夜发烧39度要及时恰当处理，密切关注孩子状态，根据具体情况选择合适的应对方法。