胃肠功能紊乱可使用调节胃肠动力、调节肠道菌群等药物改善症状。一般来说，常用的有莫沙必利、多潘立酮等调节胃肠动力的药物，还有双歧杆菌四联活菌片、枯草杆菌二联活菌颗粒等调节肠道菌群的药物。
调节胃肠动力类药物
莫沙必利：属于促胃肠动力药，能促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，改善消化不良、腹胀、早饱等症状。一般用于功能性消化不良伴有胃灼热、嗳气、恶心、呕吐、早饱、上腹胀等症状者。多潘立酮：可直接作用于胃肠壁，增加胃肠道的蠕动和张力，促进胃排空，增加胃窦和十二指肠运动，协调幽门的收缩，通常适用于由胃排空延缓、胃食管反流、食管炎引起的消化不良等情况。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片：含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等肠道有益菌，能补充肠道有益菌，调节肠道菌群平衡，改善因肠道菌群失调引起的腹泻、便秘、功能性消化不良等。儿童可在医生指导下服用。枯草杆菌二联活菌颗粒：含有枯草杆菌和肠球菌，可直接补充正常生理活菌，抑制肠道内有害细菌过度繁殖，调整肠道菌群，适用于因肠道菌群失调引起的腹泻、便秘、腹胀等，儿童也可服用。
对症治疗的其他药物
复方消化酶胶囊：含有胃蛋白酶、胰蛋白酶、淀粉酶等多种消化酶，以及熊去氧胆酸等成分，能促进各种食物的消化吸收，增进食欲，可用于食欲缺乏、消化不良，包括腹部不适、嗳气、早饱、餐后腹胀、恶心、排气过多、脂肪便等。匹维溴铵：是一种对胃肠道具有高度选择性解痉作用的钙拮抗药，可缓解胃肠功能紊乱引起的疼痛、排便异常等症状，尤其适用于与肠功能紊乱有关的疼痛、排便异常和肠道不适。