新生儿呕吐的原因有多种。一般来说，新生儿呕吐可能由喂养不当引起，比如喂奶过快、过多，或喂奶时吞入大量空气，这种情况比较常见，约占新生儿呕吐原因的30%左右。
一、消化系统自身因素
先天性消化道畸形： 像食管闭锁就是常见的一种，胎儿在发育过程中食管部分未正常形成管道，出生后就会出现频繁呕吐，且呕吐物常含有胆汁。还有先天性幽门肥厚性狭窄，多在出生后2 - 4周出现呕吐，呕吐呈进行性加重，呕吐物为奶汁和奶块，不含胆汁。消化功能不成熟： 新生儿的胃肠道功能还没发育完善，胃呈水平位，贲门括约肌松弛，幽门括约肌相对紧张，这就容易导致奶汁反流引起呕吐，这种情况在出生后的前几个月比较常见，随着月龄增长会逐渐改善。
二、感染因素
胃肠道感染： 比如病毒感染引起的肠炎，轮状病毒感染较为常见，除了呕吐外，还会伴有腹泻、发热等症状。细菌感染引起的胃肠道炎症也会导致呕吐，像大肠杆菌感染，可能还会出现腹痛、黏液脓血便等表现。全身性感染： 新生儿免疫力低，容易发生全身性感染，如肺炎、败血症等。当发生这些感染时，也可能出现呕吐症状，同时还会有原发病的表现，比如肺炎会有咳嗽、气促等，败血症会有精神差、体温不升等。
三、其他因素
颅内压增高： 如新生儿颅内出血、脑膜炎等，由于颅内压升高，会引起呕吐，这种呕吐往往是喷射性的，也就是呕吐物像水枪一样喷出，同时可能伴有前囟隆起、抽搐等神经系统症状。代谢性疾病： 比如先天性肾上腺皮质增生症，由于体内激素代谢异常，可出现呕吐，还可能伴有电解质紊乱等表现，如低钠、低氯等。还有低血糖，新生儿低血糖时也可能出现呕吐，同时会有反应差、多汗等症状。