肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿引起的，据统计，约90%的肛瘘是因肛管直肠周围脓肿自行破溃或经切开引流后形成的后遗症。
肛腺感染引发肛瘘
肛腺位于肛管直肠交界处，开口于肛窦。肛窦易受损伤，比如粪便干结擦伤肛窦，细菌就容易侵入肛腺并感染。一旦肛腺感染，炎症会向肛管直肠周围蔓延，形成脓肿，脓肿自行破溃或经手术切开后，脓腔壁会逐渐形成纤维化的管道，也就是肛瘘。例如，长期腹泻的人，肠道细菌容易刺激肛窦，增加肛腺感染风险，进而引发肛瘘。
直肠肛管损伤导致肛瘘
直肠肛管外伤也是肛瘘的常见诱因。像吞咽骨头、金属异物，或肛门直肠被器械检查损伤等，都可能使肠道内的细菌进入伤口，引发感染，最终形成肛瘘。比如，做肛门指检时操作不当造成直肠肛管损伤，如果没有及时正确处理，就可能发展为肛瘘。
结核性肛瘘有特点
结核杆菌感染也可能导致肛瘘。结核杆菌可通过血行传播到肛门直肠部位，引起结核性炎症，随后形成肛瘘。这种肛瘘与一般的肛瘘有所不同，病程相对较长，且症状可能不典型。例如，患者除了有肛瘘的常见表现外，还可能伴有午后低热、盗汗等结核中毒症状。
其他因素相关肛瘘
还有一些其他因素也可能与肛瘘的形成有关。比如克罗恩病，这是一种炎症性肠病，会累及肠道全层，导致肠道出现溃疡、瘘管等病变，肛门直肠部位受累时就可能引发肛瘘。另外，糖尿病患者由于自身抵抗力较低，容易发生感染，如果肛门直肠部位发生感染，也较容易发展为肛瘘，且糖尿病患者肛瘘治疗后复发的几率相对较高。