小孩子指甲凹凸不平的原因包括营养不良、真菌感染、外伤等。
一、营养不良。小孩子若是平时存在挑食、偏食的情况，那么营养物质的摄入就会不足，这极易导致身体出现营养不良的状况。当这种情况累及到指甲时，就会使指甲出现营养不良的问题，进而造成甲板变薄，或是出现甲横纹、凹凸不平的小点等现象。
二、真菌感染。如果小孩平常不注重手部的卫生护理而引发真菌感染，由于疾病的因素，会致使指甲变黄、增厚、变色、翘起以及表面变得凹凸不平。
三、外伤。小孩的手要是不小心遭受到外伤，像是被门缝挤压或者被石头砸伤等，这样也会对指甲造成伤害，导致甲床受损，从而出现指甲凹凸不平的情况。
当小孩指甲凹凸不平的时候，要做好局部的卫生护理工作。同时要调整饮食结构，多摄取富含维生素以及蛋白质的食物。必要时需带小孩去医院进行详细的检查，以明确是否存在疾病因素。
总之，当发现小孩指甲凹凸不平时，要综合考虑可能的原因，采取相应的措施，如有需要应及时就医检查。