手指甲上有凹陷可能是由以下原因引起的：
1.营养不良：缺乏某些营养素，如铁、钙、维生素等，可能导致指甲营养不良，出现凹陷。
2.指甲感染：真菌感染、细菌感染或其他指甲疾病可能导致指甲变形和凹陷。
3.外伤：指甲受到重击、挤压或其他外伤，可能导致指甲下的组织受损，引起凹陷。
4.疾病：某些疾病，如银屑病、扁平苔藓、湿疹等，可能影响指甲的健康，导致凹陷。
5.遗传因素：某些指甲凹陷可能与遗传有关。
6.其他因素：长期接触化学物质、频繁美甲、过度使用指甲等也可能对指甲健康产生影响。
如果发现手指甲上有凹陷，建议采取以下措施：
1.保持指甲清洁，避免感染。
2.注意营养均衡，摄入足够的蛋白质、维生素和矿物质。
3.避免过度使用指甲，避免美甲过程中的损伤。
4.如果指甲凹陷伴有其他症状，如疼痛、变色、肿胀等，或持续不愈，应及时就医，进行相关检查，以确定具体原因并接受适当的治疗。
需要注意的是，以上信息仅供参考。如果对指甲健康有任何疑虑，最好咨询专业的皮肤科医生或医生进行详细的诊断和建议。