口舌生疮的原因有多种。一般来说，约60%以上的口舌生疮与缺乏维生素有关，尤其是维生素B2（核黄素）缺乏时较易出现。
缺乏维生素：
维生素B2缺乏： 当人体摄入维生素B2不足时，就容易引发口舌生疮。比如长期饮食不均衡，只爱吃精米白面，而新鲜的蔬菜、水果摄入过少，就可能导致维生素B2缺乏。一般蔬菜中像菠菜、西兰花等富含维生素B2，水果里香蕉等也含有一定量。其他维生素缺乏： 维生素B12、叶酸等缺乏也可能在一定程度上影响口腔黏膜健康，增加口舌生疮的几率，但相对维生素B2来说，关联没那么紧密。
口腔局部刺激：
牙齿咬伤： 不小心被牙齿咬伤口腔黏膜，就可能形成创伤性的溃疡，表现为口舌生疮。比如吃饭时说话过快，牙齿容易咬到颊黏膜、舌部等，就会出现局部的破损、疼痛、生疮的情况。不良修复体： 口腔内有不合适的假牙等修复体，长期摩擦口腔黏膜，也会引起口舌生疮。例如假牙的边缘不贴合，过于锐利，长时间刺激口腔组织，就会导致局部黏膜受损、溃疡。
全身性疾病因素：
免疫系统疾病： 像白塞病，这是一种慢性自身免疫性疾病，会出现反复的口腔溃疡，还可能伴有眼部病变、生殖器溃疡等表现。患者体内免疫系统紊乱，攻击自身组织，导致口腔黏膜反复受损生疮。内分泌紊乱： 女性在月经周期前后，由于体内雌激素水平变化等内分泌紊乱情况，容易出现口舌生疮。比如有些女性在月经前期，会发现口舌部位容易长溃疡，月经结束后可能会有所缓解，但下次月经前又可能复发。胃肠道疾病： 患有胃溃疡、十二指肠溃疡、胃炎等胃肠道疾病时，也可能引发口舌生疮。因为胃肠道功能紊乱会影响营养物质的吸收，进而影响口腔黏膜的正常代谢，导致口腔黏膜抵抗力下降，容易生疮。比如有幽门螺杆菌感染的患者，患胃肠道疾病的同时，口舌生疮的发生率可能会增高。