腰椎间盘突出微创手术后可能出现一些后遗症，比如约10%~15%的患者可能会有腰部疼痛复发的情况。
神经相关后遗症
神经根粘连： 手术过程中可能会对神经根产生一定刺激，少数患者术后可能出现神经根粘连，表现为下肢放射性疼痛、麻木等症状。一般在术后数周或数月逐渐显现，若粘连较轻，可通过康复锻炼等方式改善；但严重时可能需要再次干预。神经损伤残留： 虽然微创手术相对微创，但仍有极小概率出现神经损伤残留，比如术后仍存在下肢肌力下降的情况，有的患者可能下肢力量较术前有所减弱，影响行走等活动。
腰部肌肉相关后遗症
腰部肌肉力量减弱： 由于手术对腰部组织有一定影响，术后患者腰部肌肉可能会出现力量减弱的情况。一般在术后1~3个月比较明显，患者可能感觉腰部支撑力不如以前，稍微活动久一点就容易腰酸。腰部肌肉萎缩： 长期腰部活动减少等因素可能导致腰部肌肉萎缩，尤其一些恢复期间活动不规范的患者更容易出现。肌肉萎缩会进一步影响腰部的稳定性，使腰部疼痛等不适可能反复出现。
术后复发相关后遗症
椎间盘再次突出： 尽管是微创手术，但仍存在椎间盘再次突出的可能，概率大概在5%左右。一般在术后6个月到1年内有一定风险，患者可能又出现腰痛伴下肢放射痛等类似术前的症状。局部组织瘢痕形成： 手术部位会形成瘢痕组织，有的患者瘢痕组织可能会刺激周围组织，导致腰部不适感持续存在，比如长期有腰部隐隐作痛的感觉，尤其是在天气变化时可能更明显。