肺栓塞主要是由于各种栓子阻塞肺动脉或其分支引起的。一般来说，血液高凝状态、血管内皮损伤和血流瘀滞是导致肺栓塞的主要因素。
血液高凝状态方面
遗传因素导致高凝：某些遗传性易栓症会使人体凝血机制出现异常，比如抗凝血酶缺乏症，这是一种常染色体显性遗传性疾病，由于抗凝血酶基因发生突变，导致体内抗凝血酶含量减少或功能异常，使得血液更容易形成血栓，从而增加肺栓塞发生的风险。获得性因素导致高凝：长期卧床的患者，像骨折后需要长时间卧床休养的人，由于活动减少，血流速度减慢，血液容易在下肢静脉淤积，进而形成血栓，当血栓脱落随血流移动到肺动脉时就可能引发肺栓塞。另外，恶性肿瘤患者也是肺栓塞的高危人群，肿瘤细胞会释放一些物质促进凝血，使血液处于高凝状态，容易形成血栓。
血管内皮损伤方面
手术或创伤引起：进行大型手术，如髋关节置换术、腹部手术等，手术过程中血管内皮可能会受到损伤，血管内皮损伤后，内皮下的胶原暴露，会激活凝血系统，促进血小板聚集和凝血因子激活，容易形成血栓。创伤，比如严重的车祸导致血管受伤，也会造成血管内皮损伤，增加肺栓塞的发生几率。血管炎症性疾病：像系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，会累及血管，导致血管内皮炎症损伤，使得血管内皮的抗凝、抗血小板等功能受到影响，容易引发血栓形成，进而可能导致肺栓塞。
血流瘀滞方面
久坐不动：长时间乘坐飞机、汽车等交通工具，长时间保持坐姿，会使下肢静脉回流受阻，血流速度减慢，容易在下肢静脉形成血栓。有研究表明，长途旅行（乘坐飞机超过4小时）的人患肺栓塞的风险会明显增加。妊娠或产后：女性在妊娠期间，体内激素水平发生变化，同时增大的子宫会压迫下腔静脉，导致下肢静脉回流不畅；产后身体处于相对虚弱状态，血液高凝，且活动量往往较少，这些因素都使得产后女性成为肺栓塞的易感人群。