慢性根尖周炎的病因主要有细菌感染、机械刺激、化学刺激与创伤，其中细菌感染最为关键。慢性根尖周炎通常是龋病或牙周病变未及时且彻底治疗致使病情恶化而引发。
一、牙髓感染坏死后，髓腔内充斥大量细菌、组织残留、组织渗出物、毒素以及代谢产物等，这些刺激物会给根尖周组织带来初始损伤，并透过根尖孔对根尖周区域形成刺激，引发局部免疫反应。要是不及时消除感染源，机体免疫反应会生成诸多炎症介质，进而更深入地破坏根尖周组织，促成长期慢性的根尖周炎症。具体来说，当牙髓发生感染并坏死时，髓腔中会积聚大量的有害物质，如细菌及其产物、坏死组织的分解产物等，这些物质会持续刺激根尖周组织，使其出现炎症反应。如果不加以处理，炎症会不断发展和加重，最终形成慢性根尖周炎。
二、外力、创伤可致使根尖周围组织血运受阻；或者机械刺激、热刺激等对根尖周组织产生激惹，也有可能诱发慢性根尖周炎。例如，外力撞击或咬合创伤等可能会对根尖周组织造成损伤，影响其血液循环，从而引发炎症。而一些机械性操作不当或温度刺激过强等也可能刺激根尖周组织，引起慢性根尖周炎。
总之，慢性根尖周炎的发生是多种因素综合作用的结果，需要及时发现和治疗，以避免病情的进一步恶化。