3个月婴儿咳嗽、鼻塞，可采取以下方法处理：
1.清理鼻腔：使用生理性海盐水滴鼻或喷鼻，软化、稀释鼻腔分泌物，然后使用吸鼻器吸出分泌物，以缓解鼻塞。
2.改变体位：将婴儿竖着抱起来或侧卧，有时也能缓解咳嗽和鼻塞。
3.调整环境：保持室内空气湿润，适当提高室内温度和湿度，也有助于减轻咳嗽和鼻塞症状。
4.拍背排痰：让婴儿趴在家长的前臂上，保持头低脚高位，用空心掌轻轻拍打婴儿的背部，有助于排痰。
5.补充水分：适当增加婴儿的液体摄入量，有助于稀释痰液，缓解咳嗽。
6.远离过敏原：如果明确过敏原，应尽量避免接触，以减轻咳嗽和鼻塞症状。
7.药物治疗：如果咳嗽和鼻塞症状严重，影响婴儿的睡眠和进食，或伴有发热、喘息等症状，应及时就医。医生可能会根据具体情况，开具一些药物，如止咳药、祛痰药、抗组胺药等。
需要注意的是，3个月婴儿的身体比较娇嫩，用药需谨慎。在给婴儿使用任何药物之前，都应该先咨询医生的意见，按照医生的建议使用药物。同时，如果婴儿的症状持续不缓解或加重，应及时就医复诊，以便调整治疗方案。