胃肠神经官能症的治疗需综合多方面因素，一般可通过心理调节、药物辅助等方式来改善。通常可采用心理治疗配合药物的综合手段。
心理治疗很关键
认知行为疗法： 通过帮助患者认识和改变不健康的思维模式与行为习惯，来缓解胃肠神经官能症症状。比如让患者学习应对压力的技巧，正确看待自身的胃肠不适情况，从而减轻焦虑等情绪对胃肠的影响。放松训练： 像深呼吸放松法，患者每天可进行几次深呼吸，每次深呼吸时尽量让腹部起伏，每次持续5 - 10分钟，能帮助放松身心，降低交感神经兴奋性，对胃肠神经官能症有一定缓解作用；渐进性肌肉放松也是常用方法，依次紧绷和放松身体各部位肌肉，可缓解身体紧张，间接改善胃肠功能。
药物辅助缓解症状
调节胃肠动力药物： 多潘立酮可以促进胃肠蠕动，改善腹胀、早饱等症状。它能增强胃蠕动，协调胃与十二指肠运动，从而加快胃排空。调节内脏感觉药物： 曲美布汀能调节胃肠道运动节律，改善胃肠运动功能紊乱引起的不适。它对胃肠道平滑肌有双向调节作用，既可以抑制亢进的运动，又能增强虚弱的运动。
饮食调整很重要
规律饮食： 每天尽量定时进餐，比如早餐7 - 8点，午餐11 - 12点，晚餐18 - 19点左右，保持胃肠消化节律稳定。避免暴饮暴食，每餐七八分饱即可。避免刺激性食物： 减少食用辛辣食物，如辣椒、芥末等，这类食物容易刺激胃肠黏膜，加重胃肠神经官能症症状；也要少吃过冷过热的食物，过冷的食物可能引起胃肠血管收缩，过热的食物会损伤胃肠黏膜，影响胃肠功能。