眼睛一眼大一眼小可能由多种原因引起。一般来说，先天性因素较为常见，比如有些人天生就存在眼部肌肉发育不对称等情况，这种情况可能从出生时就有表现。
先天性因素导致
遗传因素： 如果家族中有眼部形态不对称的遗传倾向，那么后代出现一眼大一眼小的概率会相对增加。这种情况往往是与生俱来的，在胚胎发育时期就已经形成眼部结构的差异。眼部结构发育异常： 比如一侧的眼睑皮肤、肌肉或者眼眶骨发育与另一侧不同，可能导致眼睛外观上大小有别。有的是上睑提肌发育不良，使得一侧眼睑不能正常抬起，从而造成眼睛看起来较小。
后天性因素导致
眼部疾病影响： 一侧眼睛发生炎症，如眼睑炎，可能会引起眼睑肿胀，导致患眼看起来比另一侧小；或者一侧眼睛发生外伤，造成眼部组织损伤、瘢痕形成，也会影响眼睛的外观大小，出现一眼大一眼小的情况。例如眼部受到撞击后，局部组织肿胀、淤血，恢复后可能留下瘢痕，影响眼睑正常开合。神经系统问题： 支配眼部肌肉的神经出现病变，比如动眼神经麻痹，会导致一侧眼部肌肉运动障碍，进而影响眼睛的大小。例如脑部肿瘤压迫动眼神经，就可能出现患侧眼睛瞳孔散大、眼睑下垂，看起来比另一侧小。
不良用眼习惯导致
长期单侧用眼： 有些人长期用一侧眼睛看东西，比如总是侧着身用一只眼睛观察物体，可能会影响眼部肌肉的发育和眼球的协调，长期下来也可能导致两眼大小有所差异。比如习惯用右眼视物的人，可能右眼相关肌肉更发达，但如果长期过度使用，也可能出现两侧差异逐渐明显的情况。