月经来时腰疼肚子疼可能由以下原因导致：
一、经前期综合征：在月经来临前，女性体内激素水平会发生变化，其中促性腺激素分泌增多，致使孕激素、雌激素等激素的分泌也相应增加。这种激素变化会引起一系列症状，包括月经来时的腰疼肚子疼等。通常这些症状会随着月经结束而逐渐消失。
二、盆腔炎：如果长期不注重个人卫生、有不洁性生活或术后发生感染等情况，都可能引发盆腔炎。炎症对局部形成刺激，使盆腔内组织充血、水肿，进而出现月经来时腰疼肚子疼的表现。
三、子宫腺肌症：一般是由于异位的子宫内膜受周期性激素改变影响，在子宫肌层内弥漫性生长，且因反复出血导致子宫肌壁出现粗厚的肌纤维带和含有陈旧性血液的微小囊腔。随着月经周期变化，就可能出现周期性腹痛，从而导致月经来时腰疼肚子疼。
如果女性出现月经来时腰疼肚子疼的情况，建议尽早前往医院就诊，明确具体原因，遵医嘱积极进行治疗。