溃疡性结肠炎的治疗药物有多种，氨基水杨酸制剂是常用的一类，像柳氮磺吡啶，一般需长期服用来控制病情，它能抑制炎症反应。
氨基水杨酸制剂类
5-氨基水杨酸制剂： 包括美沙拉嗪等，可局部作用于肠道炎症部位，减轻肠道的炎症反应，适用于轻中度溃疡性结肠炎患者。比如美沙拉嗪有口服剂型，也有栓剂、灌肠剂等局部剂型，局部剂型能更直接作用于直肠、乙状结肠等部位的病变。
糖皮质激素
作用及适用情况： 泼尼松、氢化可的松等糖皮质激素具有强大的抗炎作用。通常用于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中重度患者，能快速缓解症状。但长期使用可能会有较多副作用，像骨质疏松、感染风险增加等。不过一般是短期应用来控制急性发作，比如重度溃疡性结肠炎急性发作时可能会短期使用糖皮质激素。
免疫抑制剂
硫唑嘌呤： 对于一些对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的患者，可使用硫唑嘌呤。它需要一定时间发挥作用，一般数周甚至数月才能看到效果。使用过程中需要监测血常规等指标，因为可能会引起白细胞减少等不良反应。环孢素： 主要用于重度溃疡性结肠炎经糖皮质激素治疗无效的患者，是通过抑制免疫反应来发挥作用，但使用时要密切监测肾功能等，因为它可能对肾脏有一定影响。