溃疡性结肠炎的治疗药物有多种，常用的氨基水杨酸制剂如柳氮磺吡啶，一般需要长期服用来控制病情，部分患者可能需要连续服用数月甚至更长时间。
氨基水杨酸制剂类
柳氮磺吡啶： 是常用的氨基水杨酸制剂，它在肠道内分解为5-氨基水杨酸和磺胺吡啶，5-氨基水杨酸可以抑制肠道炎症反应。一般适用于轻、中度溃疡性结肠炎患者。美沙拉嗪： 也是氨基水杨酸制剂的一种，有多种剂型，如缓释片、灌肠剂等。美沙拉嗪灌肠剂适用于病变局限在直肠的溃疡性结肠炎患者，能直接作用于病变部位，减轻局部炎症。
糖皮质激素
泼尼松： 属于全身用的糖皮质激素，对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中、重度溃疡性结肠炎患者可以使用。泼尼松可以迅速减轻炎症反应，但长期使用可能会有较多副作用，如骨质疏松、感染风险增加等。布地奈德： 是局部用的糖皮质激素，相对于全身用激素，其全身副作用相对较少，适用于病变局限在左半结肠的轻、中度溃疡性结肠炎患者。
免疫抑制剂
硫唑嘌呤： 适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳或激素依赖的溃疡性结肠炎患者。硫唑嘌呤需要较长时间服用才能发挥作用，一般需要数周甚至数月才能看到效果，在用药过程中需要监测血常规等指标，因为它可能会引起骨髓抑制等不良反应。巯嘌呤： 作用机制与硫唑嘌呤类似，也可用于溃疡性结肠炎的治疗，尤其适用于对硫唑嘌呤不耐受的患者，使用时同样需要密切监测血常规等。
生物制剂
英夫利西单抗： 属于肿瘤坏死因子 - α拮抗剂类生物制剂，适用于对传统治疗药物（如氨基水杨酸制剂、糖皮质激素、免疫抑制剂）无效、不耐受或有并发症的重度溃疡性结肠炎患者。但使用生物制剂前需要进行严格的评估，包括排除感染等情况，而且生物制剂价格相对较高。阿达木单抗： 也是一种生物制剂，对于部分溃疡性结肠炎患者也有一定的治疗效果，同样需要在医生的严格评估和监测下使用。