溃疡性结肠炎的治疗药物有多种，常用的氨基水杨酸制剂中，柳氮磺吡啶是常用药物之一，一般需要连续服用数周甚至数月。
氨基水杨酸制剂
美沙拉嗪：有口服制剂，也有栓剂和灌肠剂。口服美沙拉嗪可作用于肠道炎症部位，缓解症状，通常需按疗程服用。栓剂适用于直肠型溃疡性结肠炎，直接塞肛后作用于直肠病变部位。灌肠剂则针对左半结肠及直肠病变，通过灌肠使药物直接接触肠道黏膜。
糖皮质激素
泼尼松：对于中重度活动性溃疡性结肠炎有较好的抗炎作用。一般在病情较重时使用，起始剂量有一定范围，如成人起始剂量通常为每日30 - 60毫克，根据病情逐渐调整剂量。但长期使用可能会有较多副作用，像骨质疏松、感染风险增加等。氢化可的松：可用于病情严重、口服药物无效的情况，一般通过静脉给药，能快速发挥抗炎作用来控制急性发作，但长期使用同样需警惕副作用。
免疫抑制剂
硫唑嘌呤：适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳或激素依赖的患者。一般需要服用数月才会起效，在使用过程中要定期监测血常规和肝功能等指标，因为可能会引起白细胞减少、肝功能损害等不良反应。巯嘌呤：作用机制与硫唑嘌呤类似，也用于溃疡性结肠炎的维持治疗，使用时也需要密切监测相关指标，观察有无不良反应发生。
生物制剂
英夫利昔单抗：是一种肿瘤坏死因子 - α拮抗剂，对于常规治疗无效的重度活动性溃疡性结肠炎患者可能有效。一般需要通过静脉输注给药，使用前需要进行相关筛查，排除感染等禁忌证，而且费用相对较高。不过它能针对性地阻断炎症通路，快速改善病情，但也存在感染等方面的潜在风险。