肠炎的主要病因有多种，其中感染因素较为常见，比如细菌感染，像大肠杆菌感染可能引发肠炎，有数据显示约10% - 15%的肠炎是由特定细菌感染导致的；病毒感染也是重要原因，轮状病毒引起的肠炎在婴幼儿中较为多见。
感染因素导致
细菌感染： 除了大肠杆菌，沙门氏菌感染也会引发肠炎，患者可能出现腹痛、腹泻等症状。例如，食用被沙门氏菌污染的食物后，短时间内就可能发病。病毒感染： 除了轮状病毒，诺如病毒也是常见的引发肠炎的病毒，它具有较强的传染性，容易在人群密集处传播，导致集体发病。
饮食因素影响
不洁饮食： 吃了变质、被污染的食物，比如变质的肉类、不新鲜的蔬菜水果等，都可能引发肠炎。要是吃了放置过久已经滋生细菌的剩饭剩菜，就很容易导致肠道感染发炎。食物过敏： 有些人对特定食物过敏，比如对牛奶中的蛋白质过敏，食用后可能出现肠道过敏反应，引发肠炎。
自身免疫问题
自身免疫性肠炎： 像克罗恩病就属于自身免疫性肠炎，是由于自身免疫系统错误地攻击肠道组织，导致肠道出现炎症、溃疡等病变，这种疾病往往会反复发作，影响患者的生活质量。其他自身免疫病相关肠炎： 一些自身免疫性疾病可能会累及肠道，引发肠炎，虽然相对少见，但也需要关注。
药物等因素刺激
药物刺激： 某些药物可能会刺激肠道，比如非甾体类抗炎药，长期或大量服用这类药物可能损伤肠道黏膜，引发肠炎。还有一些化疗药物，在治疗肿瘤的过程中可能对肠道产生不良影响。放射性损伤： 腹部接受放疗的患者，肠道可能会受到放射性损伤，出现肠炎的症状，影响肠道的正常功能。