肠炎的主要原因有多种，其中感染因素较为常见，比如约90%的感染性肠炎是由病毒、细菌、真菌、寄生虫等病原体感染引起的。像病毒感染中，轮状病毒是婴幼儿肠炎的常见致病原；细菌感染里，大肠杆菌、沙门氏菌等都可能引发肠炎。
感染性因素导致
病毒感染： 轮状病毒是引发儿童肠炎的常见病原体之一，多在秋冬季节高发，能引起婴幼儿腹泻、呕吐等肠炎症状。诺如病毒也是常见病毒，可通过污染的食物、水传播，会导致成人和儿童出现急性肠炎，引发恶心、呕吐、腹泻等表现。细菌感染： 大肠杆菌是较为常见的细菌病原体，当人体摄入被大肠杆菌污染的食物或水源后，就容易引发肠炎，出现腹痛、腹泻等症状。沙门氏菌感染也不少见，比如食用了被沙门氏菌污染的肉类、蛋类等食物，就可能患上肠炎，症状包括发热、腹痛、腹泻等。
非感染性因素导致
饮食因素： 长期食用过于辛辣、油腻的食物，会刺激肠道黏膜，容易引发肠炎。比如每天大量摄入油炸食品、辣椒等，就可能破坏肠道正常的消化和保护机制，导致肠道炎症发生。还有食物过敏也可能引起肠炎，有些人对牛奶中的蛋白质过敏，食用含牛奶的食品后，就会出现肠道炎症反应，表现为腹泻、腹痛等。药物因素： 某些药物也可能引发肠炎，像非甾体类抗炎药，如阿司匹林、布洛芬等，长期或大量服用这类药物，可能会损伤肠道黏膜，引起肠道炎症。一些抗生素的不合理使用，也可能破坏肠道正常菌群平衡，导致肠炎发生，比如长时间使用广谱抗生素后，肠道内有益菌大量减少，有害菌滋生，引发肠炎。自身免疫因素： 自身免疫性肠炎也是一类情况，比如溃疡性结肠炎，是一种慢性非特异性肠道炎症性疾病，其发病与自身免疫反应异常有关，患者肠道会出现持续的炎症、溃疡等病变，表现为腹泻、黏液脓血便、腹痛等症状，且病情容易反复发作。克罗恩病也是自身免疫性肠炎的一种，可累及肠道的任何部位，导致肠道出现节段性炎症、溃疡、狭窄等病变，患者会有腹痛、腹泻、体重下降等表现。