肾盂肾炎主要是由细菌感染引起的，其中最常见的致病菌是大肠埃希菌，约占60%~80%。
感染途径一：上行感染
尿道结构因素：女性尿道短而宽，且靠近肛门，细菌更容易从尿道上行进入膀胱，进而沿着输尿管蔓延至肾脏引发肾盂肾炎。据统计，女性发生肾盂肾炎的概率比男性高很多，主要就是因为女性尿道的这种生理特点。个人卫生问题：不注意会阴部清洁，比如性生活后不及时清洗，细菌就容易侵入尿道，增加感染风险。
感染途径二：血行感染
其他部位感染病灶：当身体其他部位有感染病灶时，细菌可通过血液循环到达肾脏引起肾盂肾炎。比如皮肤感染，像疖、痈等，细菌可随着血流到达肾脏。常见的引发血行感染的细菌还有金黄色葡萄球菌等。免疫系统较弱时：当人体免疫力低下时，比如患有糖尿病、艾滋病等疾病，或者长期使用免疫抑制剂的人群，血行感染肾盂肾炎的几率会增加。
易感因素三：尿路梗阻
尿路结石：尿路结石会阻碍尿液的正常流动，使尿液在局部积聚，有利于细菌生长繁殖，进而引发肾盂肾炎。比如输尿管结石、膀胱结石等都可能导致尿路梗阻。泌尿系统畸形：像先天性输尿管狭窄、肾盂输尿管连接部狭窄等泌尿系统畸形，会影响尿液的正常排出，容易造成尿液潴留，为细菌感染创造条件。