卵巢囊肿并非都要手术，约1/4的卵巢囊肿可能会自行消失。比如直径小于5厘米的单纯性囊肿，有较大的观察自愈可能。
生理性卵巢囊肿无需手术
滤泡囊肿： 这是最常见的生理性囊肿，多与月经周期有关。一般在月经来潮后，可能会自然消失，通常不需要特殊处理，定期复查超声，观察囊肿变化即可，一般建议间隔1~3个月复查。黄体囊肿： 多在排卵后形成，一般直径多在2~3厘米，多数也会在月经后缩小或消失，同样定期随访超声观察就行。
良性卵巢囊肿的手术考量
囊肿较大且有症状： 当卵巢囊肿直径超过5厘米，且持续存在超过3个月，就比较建议手术。比如卵巢浆液性囊腺瘤，若囊肿较大，压迫周围组织，出现腹痛、腹胀等不适，就需考虑手术切除。怀疑恶变： 虽然良性囊肿恶变概率低，但如果通过检查怀疑囊肿有恶变倾向，像肿瘤标志物升高明显，如CA125等指标异常增高，就需要及时手术，进一步明确诊断并治疗。
特殊类型卵巢囊肿的处理
巧克力囊肿： 这是子宫内膜异位症的一种病变。对于有生育要求的年轻患者，若囊肿较小，可先尝试药物治疗，如使用GnRH-a类药物，控制病情发展；但如果囊肿较大，直径超过4厘米，或药物治疗效果不佳，影响生育，就需考虑手术，不过术后有复发可能，需要密切随访。炎性卵巢囊肿： 由盆腔炎症引起的卵巢囊肿，若处于急性期，一般先采用抗生素抗炎治疗，常用头孢类联合甲硝唑等药物抗炎。经过抗炎治疗后，囊肿有可能缩小。但如果抗炎治疗后囊肿仍不缩小，或反复发生炎症，也可能需要手术切除囊肿。