儿童矮小症的成因较为复杂，常见原因包括遗传因素，若父母身高偏矮，儿童遗传矮小的概率会增加，据统计约30%的矮小儿童是由遗传因素导致；还有内分泌因素，比如生长激素缺乏症，这是由于垂体分泌生长激素不足引起，患儿身高增长缓慢，每年身高增长通常低于5厘米；另外，营养因素也很关键，如果儿童长期营养不良，缺乏蛋白质、钙、锌等营养素，会影响骨骼生长和身体发育，导致身材矮小。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 如果家族中存在身材矮小的遗传背景，儿童发生矮小症的风险相对较高。比如父母双方都属于较矮体型，那么孩子遗传矮小的可能性比普通家庭的孩子要大。基因决定生长潜力： 基因控制着人体的生长发育进程，遗传基因会决定儿童的最终身高潜力范围，如果基因中存在影响生长的缺陷基因，就容易引发矮小症。
内分泌因素相关
生长激素缺乏： 垂体是分泌生长激素的重要器官，若垂体因疾病等原因导致生长激素分泌不足，就会使儿童的身高增长速度明显减慢。这种情况需要通过医学检查来明确诊断，例如进行生长激素激发试验等。甲状腺功能减退： 甲状腺分泌的甲状腺激素对儿童的生长发育至关重要，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响机体的新陈代谢和生长发育，导致儿童身材矮小，同时还可能伴有智力发育迟缓等表现。
营养因素相关
蛋白质摄入不足： 蛋白质是身体生长发育的重要物质基础，儿童长期缺乏蛋白质，会影响身体组织的构建和修复，进而阻碍身高增长。像一些挑食、偏食的儿童，容易出现蛋白质摄入不足的情况。钙锌等营养素缺乏： 钙是骨骼发育的重要成分，锌参与多种酶的合成，对生长发育有重要作用。儿童缺乏钙会影响骨骼的钙化，导致骨骼发育不良；缺乏锌会影响生长激素的合成和分泌，从而影响身高。例如，长期素食的儿童可能容易缺乏锌元素。