儿童矮小症的成因较为复杂，常见原因包括遗传因素、内分泌疾病以及营养与代谢问题等。据统计，约30%的矮小症儿童存在遗传因素，若父母身材偏矮，孩子出现矮小症的概率相对较高。
遗传因素导致
家族遗传倾向： 如果父母双方或一方在儿童时期就身材矮小，那么孩子遗传矮小症的可能性较大。这种遗传因素是由于基因的传递导致生长相关的基因表达异常，从而影响身高的正常发育。比如父母均为身高较矮的成年人，其子女身高低于同年龄、同性别正常儿童平均身高的比例会明显增加。染色体异常： 某些染色体疾病也会引发矮小症，像特纳综合征，这是一种女性性染色体异常疾病，患者染色体核型为45，X或其他变异型。这类患儿除了身材矮小外，还会伴有外貌特征改变，如颈蹼、肘外翻等，由于染色体异常影响了生长激素的分泌和作用途径，导致身高明显低于正常同龄儿童。
内分泌疾病引发
生长激素缺乏： 垂体分泌生长激素不足是常见的导致儿童矮小的原因。生长激素能促进骨骼、肌肉等组织的生长发育，若分泌不足，儿童的身高增长就会缓慢。例如，有些孩子垂体本身的病变或者下丘脑功能异常，使得生长激素释放激素分泌减少，进而导致生长激素分泌不足，身高增长速度明显低于正常儿童，每年身高增长通常低于5厘米。甲状腺功能减退： 甲状腺分泌的甲状腺激素对儿童的生长发育至关重要。当儿童甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响机体的新陈代谢和生长发育，导致生长迟缓，出现矮小症。同时还可能伴有智力发育迟缓、食欲减退、皮肤粗糙等表现，比如患儿可能在婴儿期就表现出嗜睡、吃奶差，随着年龄增长身高明显落后于同龄人。
营养与代谢问题影响
营养不良： 长期的营养不良会影响儿童的身高发育。如果儿童饮食中蛋白质、能量、维生素及矿物质等摄入不足，会导致身体缺乏生长发育所需的物质基础。比如处于生长发育期的儿童，长期挑食、偏食，导致蛋白质摄入不够，就会影响骨骼和肌肉的生长，使得身高增长受到限制。一般来说，3岁以下营养不良的儿童身高增长会明显滞后。代谢性疾病： 某些代谢性疾病也会引发矮小症，如先天性肾小管酸中毒，会影响机体对钙、磷等矿物质的代谢，导致骨骼发育异常，身高增长受限。患儿除了身材矮小外，还可能出现多尿、烦渴、乏力等症状，由于体内矿物质代谢紊乱，影响了骨骼的正常生长和钙化过程，从而影响身高的正常发育。