儿童矮小症的成因较为复杂，常见原因主要有以下几类。首先是遗传因素，如果父母身高偏矮，孩子遗传矮小的概率会增加，据统计，约70%的矮小儿童存在遗传因素相关问题。
遗传因素：
家族性矮小： 如果父母双方或一方身高明显低于正常范围，孩子很可能受到遗传影响出现矮小情况。这种情况通常孩子的生长激素分泌等基本正常，只是遗传了家族的身高基因特点。染色体异常： 比如特纳综合征，这是一种性染色体异常疾病，常见于女孩，患者除了身材矮小外，还可能伴有其他身体特征异常，如颈蹼等。
内分泌因素：
生长激素缺乏或分泌不足： 生长激素是促进儿童生长的重要激素，如果垂体分泌生长激素不足，就会导致生长缓慢。这种情况需要通过相关检查来明确，如生长激素激发试验等。甲状腺功能减退： 甲状腺激素对儿童的生长发育也至关重要，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌减少，会影响儿童的生长速度，同时还可能伴有智力发育迟缓等表现。
疾病因素：
慢性疾病： 像先天性心脏病、慢性肾病等慢性疾病会影响儿童的营养吸收和身体代谢，从而阻碍生长。例如，患有慢性肾病的儿童，由于肾脏功能受损，体内代谢紊乱，会影响生长激素的作用发挥，导致身材矮小。骨骼疾病： 如软骨发育不全，这是一种先天性的骨骼发育异常疾病，会导致长骨生长受限，使儿童出现身材矮小的症状，主要表现为四肢短，躯干相对正常。
营养因素：
营养不良： 长期摄入的营养物质不能满足儿童生长发育的需求，比如蛋白质、能量、维生素及微量元素等缺乏，会影响骨骼和身体的正常生长。例如，长期挑食、偏食的儿童，容易出现营养不均衡，进而影响身高增长。营养过剩： 过度肥胖的儿童也可能存在矮小问题，因为肥胖可能会影响内分泌功能，干扰生长激素的分泌和作用，同时肥胖带来的关节负担等也可能阻碍生长。