儿童矮小症是指在相似环境下，身高较同种族、同性别、同年龄健康儿童身高均值低2个标准差（-2SD）以上或处于第3百分位数以下。引起儿童矮小症的原因有多种。
遗传因素导致
基因决定身高基础： 儿童的身高有一定的遗传倾向，如果父母身高偏矮，儿童遗传获得的身高潜力就相对有限。比如父母双方都属于身材较矮小的类型，那么孩子发生矮小症的概率就会比正常家庭的孩子高一些。家族遗传病史影响： 如果家族中有遗传性疾病导致身材矮小的情况，如特纳综合征（仅见于女性），这是由于染色体异常引起的，会导致儿童身高明显低于正常水平。
内分泌因素引发
生长激素缺乏： 生长激素是促进儿童生长的重要激素，如果垂体分泌生长激素不足，就会影响骨骼的生长和发育，导致身材矮小。一般通过检测生长激素水平可以辅助诊断。甲状腺功能减退： 甲状腺分泌的甲状腺激素对儿童的生长发育也至关重要，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌减少，会使儿童生长缓慢，除了身材矮小，还可能伴有智力发育迟缓等表现。
营养因素所致
营养摄入不足： 儿童在生长发育过程中，如果蛋白质、能量、维生素及矿物质等营养素摄入不足，会影响骨骼的生长。例如长期挑食、偏食的孩子，可能会因为缺乏必要的营养物质而出现矮小的情况。营养过剩也有影响： 过度肥胖的儿童可能会出现性早熟的情况，而性早熟会导致骨骺提前闭合，从而影响最终身高，也可能表现为矮小症的一种特殊情况。
疾病因素造成
慢性疾病影响： 一些慢性疾病，如先天性心脏病、慢性肾病等，会影响儿童的生长发育。例如慢性肾病患儿，由于肾脏功能受损，会影响体内激素的代谢和营养物质的吸收，进而导致身材矮小。骨骼疾病干扰： 像软骨发育不全等骨骼系统的疾病，会直接影响骨骼的正常生长和发育，导致儿童出现矮小的症状，这类疾病往往是先天性的，会使骨骼的生长受到先天性的限制。