肠道息肉的形成是多种因素共同作用的结果。目前研究发现，遗传因素是一个重要方面，例如家族性腺瘤性息肉病就与特定的基因突变有关，有家族性腺瘤性息肉病家族史的人群，患肠道息肉的风险比普通人群高很多。
遗传因素相关
基因遗传倾向： 某些遗传性综合征会增加肠道息肉发生风险，像家族性腺瘤性息肉病患者，其体内存在APC等基因的突变，这会使肠道黏膜上皮细胞异常增殖，从而容易形成大量息肉。一般有这类家族遗传史的人，从青少年时期就可能开始出现肠道息肉相关病变。遗传易感性传递： 这种遗传易感性会从亲代传递给子代，子代携带相关突变基因后，在后天环境等因素作用下，更易引发肠道息肉。
生活方式因素
饮食因素： 长期高脂肪、低纤维饮食是肠道息肉形成的诱因之一。比如长期大量摄入红肉（如牛肉、猪肉），而蔬菜、水果摄入不足的人群，肠道内环境容易改变，不利于肠道正常蠕动和代谢，容易导致息肉形成。有研究表明，每天蔬菜摄入量少于300克，而红肉摄入量较多的人群，肠道息肉发生率比饮食均衡人群高约20%。吸烟与饮酒： 吸烟会影响肠道的血液循环和细胞代谢，增加肠道息肉发生风险。长期大量饮酒也会刺激肠道黏膜，损伤肠道屏障功能，使得肠道更容易出现息肉。有调查显示，每天吸烟超过20支且饮酒量较大（如每天饮酒量超过50克白酒当量）的人群，肠道息肉患病率比不吸烟不饮酒人群高30%左右。
炎症刺激因素
肠道慢性炎症： 患有慢性肠炎，如溃疡性结肠炎、克罗恩病等肠道慢性炎症性疾病时，肠道黏膜长期处于炎症状态，会反复受到损伤和修复，在这个过程中，肠道上皮细胞容易发生异常增殖，进而形成息肉。例如溃疡性结肠炎患者，病程超过10年的，肠道息肉发生率明显升高，约有10% - 20%的患者会发展为肠道息肉。感染因素： 某些肠道细菌、病毒感染也可能与肠道息肉形成有关。比如幽门螺杆菌虽然主要与胃部疾病相关，但有研究发现其可能通过影响肠道微生态，间接增加肠道息肉发生的可能性；一些肠道病毒感染后，也可能导致肠道黏膜出现异常变化，增加息肉形成几率。