宝宝高烧39度，可通过使用退烧药物、实施物理降温、做好日常调理以及必要时就诊治疗等方式来处理，具体如下：
一、使用退烧药物
高烧39度的宝宝需要尽快给予退烧药物治疗，这样能防止出现高热惊厥或其他并发症。一般可在医生指导下让宝宝服用乙酰氨基酚、布洛芬等退烧药物来实现降温。比如乙酰氨基酚，它能有效调节体温中枢，帮助宝宝降低体温。
二、物理降温
1.使用退烧贴：退烧贴主要是依据透皮吸收原理，其表面的凝胶在水分汽化时会带走皮肤表面的热量，从而发挥退烧作用。
2.温水擦浴：用温热毛巾擦拭宝宝的颈部、腋窝等大血管经过的部位，通过降低血液温度来达到辅助降温的效果，同时还能缓解高烧带来的身体不适感受。
三、日常调理
除了积极降温外，近期家长要特别注意给宝宝做好保暖，避免其受凉。同时要让宝宝多休息，减少活动量。在饮食方面，应以营养清淡为主，适当补充维生素C，这样可以增强机体抵抗力。比如可以给宝宝提供一些富含维生素C的水果泥或蔬菜汤。
四、就诊治疗
由于宝宝的体质相对较为虚弱，特别是婴幼儿，高热容易使大脑皮质出现过于兴奋或者抑制的情况，进而引发高热惊厥。而且有些宝宝的高热可能是由于脑炎、脑膜炎、肺炎等疾病所导致。所以在宝宝高烧39度时，家长即便通过药物和物理降温进行了处理，如果宝宝的症状仍无明显好转，就应尽快带其去就诊治疗，以避免病症加重，防止对宝宝的健康造成更严重的影响。
总之，当宝宝高烧39度时，要综合采取多种措施来帮助宝宝降温，同时密切关注宝宝的状态，必要时及时就医。