怀孕两个月上厕所有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕两个月属于孕早期，此时胎盘尚未发育成熟，胚胎着床尚不稳定，如果孕妇过度劳累、性生活频繁、精神压力过大或存在其他导致子宫收缩的因素，可能会引起先兆流产，导致阴道有褐色分泌物。孕妇应及时就医，进行超声检查、血人绒毛膜促性腺激素（hCG）和孕酮检测等，以明确诊断。如果确诊为先兆流产，应注意休息，避免劳累和性生活，必要时遵医嘱使用黄体酮、地屈孕酮等药物进行保胎治疗。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外的部位着床称为异位妊娠，以输卵管妊娠最常见。异位妊娠时，胚胎发育不良，随着孕囊的生长，会导致子宫蜕膜剥离，引起阴道出血，血液在子宫内停留时间较长时，可呈现为褐色分泌物。此外，患者还可能伴有腹痛、肛门坠胀等症状。超声检查是诊断异位妊娠的重要方法，一旦确诊，应及时治疗，可根据病情选择药物治疗或手术治疗。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性妊娠滋养细胞疾病，与妊娠后胎盘绒毛滋养细胞增生、间质水肿有关。葡萄胎患者的子宫大于停经月份，质软，血清hCG水平异常升高，超声检查可发现子宫内充满大小不等的水泡。部分葡萄胎患者可能会出现阴道流血，通常为反复少量出血，可表现为褐色分泌物。确诊后，应及时清宫，并定期复查hCG水平，直至正常。
4.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管黏膜局部增生形成的赘生物，颜色为红色，质软，血管丰富，触碰后容易出血。怀孕后，由于激素水平的变化，宫颈息肉可能会增大，导致阴道少量出血，表现为褐色分泌物。宫颈息肉通常需要手术切除。
5.其他：阴道炎、宫颈炎、前置胎盘、胎盘早剥等也可能导致怀孕两个月上厕所有褐色分泌物。
总之，怀孕两个月上厕所有褐色分泌物是一种异常情况，可能提示存在潜在的健康问题。孕妇应及时就医，进行相关检查，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持心情愉悦，按时产检。