导致缺铁性贫血的原因主要有以下几方面。首先是铁摄入不足，婴幼儿在4-6个月后，从母体获得的铁逐渐耗尽，若饮食中未及时添加富含铁的食物，比如1岁以内的婴儿单纯以乳类为主食，就容易出现铁摄入不足。青少年时期生长发育快，对铁的需求增加，如果挑食、偏食，也会导致铁摄入不够。
铁吸收障碍
某些疾病会影响铁的吸收，比如胃大部切除术后，胃酸分泌减少且食物快速进入空肠，影响了铁的吸收。还有慢性腹泻患者，肠道功能紊乱，铁的吸收也会受到阻碍。另外，长期服用某些药物，像质子泵抑制剂（如奥美拉唑），会抑制胃酸分泌，进而影响铁的吸收。
铁丢失过多
慢性失血是导致缺铁性贫血很常见的原因。比如消化道出血，胃溃疡患者长期少量出血，每月失血量虽不多，但长期积累就会造成铁丢失过多。女性月经过多也是常见原因，正常月经失血量一般为30-50毫升，若月经量过多，每次超过80毫升，就会导致铁丢失增加。还有钩虫病患者，钩虫寄生在肠道内，会吸食血液，引起慢性失血，从而导致缺铁性贫血。