乳头内陷主要是由于多种因素导致乳头不能正常突出，而是向内凹陷。其中，先天性因素较为常见，约有10%的少女存在乳头内陷情况。
先天性发育异常导致
乳腺导管短缩： 胚胎发育过程中，乳腺导管发育出现异常，导致导管短缩，对乳头产生牵拉作用，使得乳头不能正常突出。例如在胎儿时期，乳腺组织的正常发育路径出现偏差，就可能引发这种情况。乳头平滑肌发育不良： 乳头里面有平滑肌组织，若平滑肌发育不良，就会使乳头失去正常的支撑结构，进而出现内陷。这种发育不良是从出生前就存在的异常情况。
疾病因素引发
乳腺疾病： 某些乳腺疾病也可能导致乳头内陷，比如乳腺癌。乳腺癌组织浸润乳腺导管、韧带等结构，会牵拉乳头引起内陷。不过这种情况相对较少见，但一旦发现乳头内陷伴有乳房其他异常改变，就需要高度警惕。炎症性疾病： 乳腺部位的炎症性疾病，如乳腺炎等，在恢复过程中可能会导致乳头周围组织粘连，从而牵拉乳头造成内陷。一般这类炎症性疾病会有乳房红肿、疼痛等伴随症状。
穿着不当造成
内衣过紧： 长期穿着过紧的内衣，尤其是青春期女性胸部发育阶段，如果内衣尺码不合适，过紧的内衣会对乳头造成持续的压迫，影响乳头的正常发育，导致乳头内陷。例如每天穿着过紧的塑形内衣，就可能增加乳头内陷的风险。束胸： 一些不恰当的束胸行为，会严重限制胸部的正常发育，包括乳头的正常突出，长期束胸会使乳头被束缚在内，逐渐形成内陷。这种情况在一些追求所谓“扁平胸部”的不恰当观念影响下较为常见。