乳头内陷主要是由多种因素导致的，其中先天性因素较为常见，约有20%的女性可能存在一定程度的乳头内陷情况。
先天性发育异常导致
乳腺导管短缩： 胚胎发育时期，乳腺导管发育出现异常，导致导管短缩，牵拉乳头，使得乳头不能正常突出，这是先天性乳头内陷比较常见的原因之一。比如在胚胎早期，乳腺组织的发育过程中，导管的形成出现障碍，就会引发这种情况。乳头平滑肌发育不良： 乳头里面有平滑肌组织，如果平滑肌发育不良，就会使乳头失去正常的支撑结构，从而出现内陷。这种平滑肌的发育问题是从出生前就存在的先天性因素导致的。
疾病因素引发
乳腺疾病： 某些乳腺疾病也可能导致乳头内陷，比如乳腺肿瘤。当乳腺内的肿瘤生长到一定程度，侵犯到乳腺导管、韧带等组织时，就会牵拉乳头，导致乳头内陷。像乳腺癌，肿瘤细胞侵犯乳腺导管，使其收缩，进而引起乳头内陷。炎症感染： 乳腺部位的炎症感染，例如乳腺炎，在炎症修复过程中，可能会导致乳腺导管周围组织粘连、瘢痕形成，从而牵拉乳头造成内陷。一般在乳腺炎急性炎症消退后，可能会遗留这样的问题。
后天因素影响
穿着不合适的内衣： 长期穿着过紧的内衣，尤其是过小的胸罩，会对乳头造成压迫，影响乳头的正常发育，时间长了就容易导致乳头内陷。特别是青春期女性，如果过早地穿着过于紧身的内衣，就更容易出现这种情况。外伤或手术影响： 胸部受到外伤，或者因某些疾病进行胸部手术，比如乳腺手术等，如果损伤到乳头周围的组织，也可能引起乳头内陷。例如胸部受到撞击伤后，局部组织受损，修复过程中可能出现乳头内陷的情况。