肝功能异常是由多种因素引起的，比如病毒性肝炎就较为常见，像乙型肝炎病毒感染，据统计全球约有2.57亿慢性乙肝病毒感染者。
一、感染因素导致
病毒性肝炎： 除了乙肝病毒，丙肝病毒感染也会引发肝功能异常。丙肝病毒主要通过血液传播，如输入被污染的血液或血制品、共用注射器等。另外，巨细胞病毒、EB病毒等感染也可能影响肝功能，这些病毒感染人体后，会在肝脏内复制繁殖，引起肝脏炎症反应，进而导致肝功能指标异常。细菌感染： 当身体受到某些细菌感染时，细菌产生的毒素等物质可能会损害肝脏。例如，伤寒杆菌感染，细菌释放的毒素会随血液循环到达肝脏，影响肝脏细胞的正常功能，导致肝功能异常。
二、药物与化学物质因素
药物性肝损伤： 有很多药物都可能引起肝功能异常，像抗结核药异烟肼，大约有10% - 20%的患者使用异烟肼后会出现不同程度的肝功能损害。还有抗生素中的四环素，长期或大量使用可能损伤肝脏。一些中药如果使用不当也可能导致肝损伤，比如含吡咯里西啶生物碱的中药，像千里光、款冬菊等，长期服用可能引起肝脏纤维化等病变，影响肝功能。化学物质接触： 长期接触某些化学毒物也会造成肝功能异常。比如长期接触四氯化碳，它进入人体后会在肝脏内代谢，产生有毒物质损伤肝细胞，导致肝功能指标升高。还有苯、有机磷农药等化学物质，接触后可能通过影响肝脏的代谢、解毒等功能，引发肝功能异常。
三、自身免疫因素
自身免疫性肝炎： 这是一种由自身免疫反应介导的肝脏炎症性疾病。多见于女性，发病机制是自身免疫系统错误地攻击肝脏细胞，导致肝脏持续炎症损伤，进而出现肝功能异常，患者血液中可检测到自身抗体，如抗核抗体、抗平滑肌抗体等。原发性胆汁性胆管炎： 主要是机体的免疫细胞攻击胆管系统，导致胆管破坏、胆汁淤积，随着病情进展会影响肝脏的正常功能，引起肝功能异常，患者会出现瘙痒、黄疸等症状，实验室检查可发现碱性磷酸酶等指标升高。
四、代谢性因素
脂肪肝： 随着生活方式的改变，脂肪肝的发病率逐渐升高。尤其是肥胖人群，体内脂肪堆积过多，过多的脂肪在肝脏内沉积，会影响肝脏的正常代谢和功能，导致肝功能异常。非酒精性脂肪肝患者中，约有20% - 30%可能发展为脂肪性肝炎，进一步损伤肝脏。 Wilson病（肝豆状核变性）： 这是一种常染色体隐性遗传的铜代谢障碍疾病。由于基因缺陷，导致铜代谢异常，铜在肝脏内大量沉积，损害肝细胞，引起肝功能异常，同时还会累及神经系统等其他器官，出现手抖、肢体不协调等神经系统症状。