直肠粘膜脱垂的治疗方法需根据病情严重程度来定。一般来说，轻度直肠粘膜脱垂可先尝试非手术治疗，中重度可能需要手术干预。
非手术治疗
一般治疗：对于儿童直肠粘膜脱垂，多数可通过改变排便习惯等自愈。比如让孩子养成每天定时排便的习惯，排便时间控制在5分钟以内。成人轻度直肠粘膜脱垂也可通过调整饮食，多吃富含膳食纤维的食物，如蔬菜、水果等，保持大便通畅，减少便秘发生，避免长时间蹲厕所。注射治疗：常用的硬化剂有5%石炭酸植物油等。通过将硬化剂注射到直肠粘膜下或直肠周围，使粘膜与肌层粘连固定。但注射治疗有一定复发可能，且要注意注射部位和剂量，避免出现局部坏死等并发症。
手术治疗
经肛门手术：适用于轻度直肠粘膜脱垂的成人患者。如直肠粘膜环切术，通过切除部分脱垂的直肠粘膜，然后进行吻合，达到治疗目的。该手术创伤相对较小，恢复较快，但也有复发风险。经腹手术：对于重度直肠粘膜脱垂患者，经腹手术是常用方法。如直肠悬吊固定术，将直肠固定在骶骨前筋膜上，防止脱垂复发。不过经腹手术创伤较大，恢复时间相对较长，术后需注意护理，预防感染等并发症。腹腔镜手术：这是一种微创手术方式，具有创伤小、恢复快等优点。通过腹腔镜进行直肠悬吊等操作，效果与传统经腹手术类似，但对医生技术要求较高，需要选择经验丰富的医生进行操作。