慢性肠炎的治疗药物需根据具体病情来定，一般常用的有益生菌类药物，比如双歧杆菌四联活菌片，它能调节肠道菌群，改善肠道功能，通常没有严重的不良反应，不过2岁以下幼儿服用需遵医嘱。
益生菌类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等四种有益菌，能补充肠道有益菌群，抑制有害菌生长，对肠道功能紊乱引起的慢性肠炎有一定调节作用。一般来说，成人一次2-3片，一日3次。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 主要成分是地衣芽孢杆菌，可促进肠道有益菌群生长，抑制有害菌繁殖，维持肠道菌群平衡，用于慢性肠炎导致的腹泻等症状改善，儿童服用时需将胶囊内容物用温水送服或混入少量流质食物中服用。
抗炎类药物
柳氮磺吡啶： 适用于轻至中度慢性肠炎，尤其是溃疡性结肠炎等炎症性肠病相关的慢性肠炎。它在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸能抑制肠道炎症反应，但可能会引起恶心、呕吐等胃肠道不适，对磺胺类药物过敏者禁用。美沙拉嗪： 也可用于炎症性肠病引起的慢性肠炎，通过抑制前列腺素合成等发挥抗炎作用，有片剂、栓剂等不同剂型，栓剂适用于直肠炎等情况，口服制剂可能会有腹泻、头痛等不良反应，对水杨酸类药物过敏者禁用。
止泻类药物
蒙脱石散： 能吸附肠道内的病菌和毒素，保护肠道黏膜，起到止泻作用，适用于慢性肠炎引起的腹泻症状。成人一次1袋（3克），一日3次，儿童用量根据年龄有所不同，1岁以下每日1袋，分3次服用；1-2岁每日1-2袋，分3次服用；2岁以上每日2-3袋，分3次服用。但过量服用可能引起便秘。黄连素： 即小檗碱，对肠道细菌有一定抑制作用，可用于慢性肠炎伴有腹泻的情况，有一定的止泻和抗菌效果，常见的不良反应较少，偶有恶心、呕吐等，对黄连素过敏者禁用。