美尼尔综合症的发病原因目前尚未完全明确，但一般认为与多种因素有关。目前研究发现，大约有10%~15%的美尼尔综合症患者有家族史，遗传因素可能是其中一个原因。
内耳积水相关因素
内淋巴产生和吸收失衡： 内淋巴液的产生和吸收处于动态平衡状态，如果这种平衡被打破，就可能导致内淋巴积水。比如内淋巴囊的吸收功能出现障碍，使得内淋巴液积聚，进而引发美尼尔综合症。正常情况下，内淋巴囊能有效地吸收内淋巴，但当某些因素影响其功能时，就会打破平衡。膜迷路机械阻塞与内淋巴吸收障碍： 比如先天性因素导致的内淋巴导管狭窄或闭塞，或者因炎症等原因引起的膜迷路积水。像一些病毒性感染可能引发内耳的炎症反应，影响内淋巴的正常吸收，从而导致膜迷路积水，引发美尼尔综合症。
免疫反应因素
自身免疫反应： 人体的免疫系统可能会错误地攻击内耳组织，引发免疫反应，导致内耳功能紊乱。有研究发现，部分美尼尔综合症患者体内存在自身抗体，这些自身抗体可能损伤内耳的结构和功能，进而诱发美尼尔综合症。例如，自身抗体可能破坏内耳毛细胞等结构，影响听力和平衡功能。
其他因素
病毒感染： 某些病毒感染可能与美尼尔综合症的发生有关。比如腮腺炎病毒、麻疹病毒等感染内耳后，可能引发内耳的炎症病变，影响内耳的正常生理功能，从而增加美尼尔综合症的发病风险。有研究统计，约有一部分美尼尔综合症患者在发病前有病毒感染的病史。内耳缺血： 内耳的血液供应出现障碍时，也可能导致美尼尔综合症。比如高血压、动脉硬化等疾病可能影响内耳的血液循环，使内耳组织缺血缺氧，进而影响内耳的正常功能，引发美尼尔综合症。长期高血压控制不佳的患者，相对更容易出现内耳缺血的情况，从而增加患美尼尔综合症的可能性。