导致胎儿畸形的原因主要包括以下两点：
一、先天发育异常。这通常存在两种情况，1.夫妻双方患有先天性染色体疾病，致使精子和卵子带有缺陷，进而使受精卵存在先天性染色体异常，最终导致胎儿畸形。2.夫妻双方的染色体正常，但受精卵自身发生了畸变，从而引起胎儿畸形。
二、孕期接触有毒有害物质。在怀孕期间，特别是怀孕的前三个月这个胎儿分化的关键时期，如果孕妇服用了孕期禁用的药物，或者接触到放射线，以及大量接触重金属等有毒有害物质，都有可能对胎儿发育产生影响，进而导致畸形。
总之，胎儿畸形的产生既有先天发育方面的原因，也有孕期不当接触因素的影响，需要引起重视。