口腔溃疡形成的原因有多种。一般来说，口腔溃疡的发生可能与多种因素相关，其中遗传因素就占一定比例，据统计，约40%的口腔溃疡患者有家族遗传倾向。
局部创伤因素
口腔黏膜损伤： 比如刷牙时用力过猛，不小心刮伤了口腔黏膜；或者吃了比较坚硬的食物，像坚果、脆骨等，划伤了口腔里的软组织，这时候就容易形成口腔溃疡。还有牙齿的残根、残冠，它们不规整的边缘会反复摩擦口腔黏膜，长期刺激也会导致口腔溃疡的发生。咬合关系异常： 如果牙齿的咬合关系不好，比如有的牙齿过度伸长，或者上下牙齿的咬合接触点不合适，在咀嚼和说话过程中，就会不断摩擦口腔黏膜特定部位，时间一长就容易引发口腔溃疡。
免疫系统因素
免疫力下降时易发病： 当人体免疫力低下时，比如熬夜、过度劳累、患有某些慢性疾病等情况，身体的免疫系统不能很好地发挥作用，就容易让导致口腔溃疡的病原体有可乘之机。像感冒发烧后，很多人会出现口腔溃疡，就是因为此时免疫力暂时下降了。自身免疫性疾病相关： 一些自身免疫性疾病也可能引发口腔溃疡，例如白塞病，它是一种慢性自身免疫性疾病，除了口腔溃疡外，还会出现眼部病变、生殖器溃疡等症状，口腔溃疡往往反复发作，持续时间较长。
营养缺乏因素
维生素缺乏： 缺乏维生素B族，尤其是维生素B2、B6、B12等，会影响口腔黏膜的正常代谢，导致口腔黏膜抵抗力下降，容易发生溃疡。比如长期吃素的人，如果不注意补充富含维生素B族的食物，就比较容易出现口腔溃疡。微量元素缺乏： 锌、铁等微量元素的缺乏也与口腔溃疡有关。锌参与人体多种酶的合成和代谢，缺乏锌会影响细胞的正常分裂和修复；铁是合成血红蛋白的重要原料，缺铁会导致免疫功能下降，从而增加口腔溃疡的发生风险。像一些挑食、偏食的人群，就容易出现微量元素缺乏进而引发口腔溃疡。