口腔溃疡形成的原因有多种。一般来说，约20% - 30%的人可能因遗传因素容易长口腔溃疡，比如父母经常长口腔溃疡，子女患口腔溃疡的概率相对较高。
局部创伤因素
口腔咬伤： 比如吃饭时不小心咬到口腔黏膜，就可能形成口腔溃疡。这种情况在咀嚼较快的人群中较为常见，比如吃饭狼吞虎咽的人，很容易因为牙齿误咬到腮帮子或嘴唇内侧等部位而引发口腔溃疡。牙齿刺激： 不合适的假牙、锐利的牙尖等会持续摩擦口腔黏膜，时间久了也会导致口腔溃疡。例如，有的患者戴了不合适的假牙，佩戴一段时间后，与假牙接触的口腔黏膜就会出现破损、溃疡。
营养缺乏因素
维生素缺乏： 当人体缺乏维生素B₂、维生素B₁₂、叶酸等时，容易诱发口腔溃疡。比如长期挑食、偏食的人，很可能会出现维生素摄入不足的情况。有研究表明，维生素B₂缺乏会影响黏膜的正常代谢，从而增加口腔溃疡发生的几率。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也与口腔溃疡的形成有关。锌参与人体多种酶的合成和代谢，缺乏锌时，人体的免疫功能会受到影响，容易引发口腔溃疡。例如，一些素食者由于植物性食物中锌的吸收率相对较低，可能更容易出现微量元素缺乏导致的口腔溃疡。
免疫系统因素
自身免疫反应： 当人体免疫系统出现紊乱时，会错误地攻击自身的口腔黏膜组织，从而引发口腔溃疡。比如患有自身免疫性疾病如白塞病的患者，口腔溃疡往往是其典型症状之一，病情活动期时口腔溃疡会频繁发作。免疫力下降： 当人体过度疲劳、睡眠不足、感冒等情况下，免疫力会暂时下降，这时候就容易受到病原体的侵袭，也容易引发口腔溃疡。比如连续熬夜后，很多人会发现口腔里长了溃疡，就是因为熬夜导致免疫力降低，让口腔内原本潜伏的一些致病因素活跃起来，引发了口腔溃疡。