口腔溃疡的形成原因较为复杂，一般认为多种因素综合作用导致。比如，有研究表明，约20% - 30%的口腔溃疡与遗传因素相关，如果家族中有多人反复患口腔溃疡，那么个体患病风险可能升高。
一、局部创伤因素
口腔内机械性损伤： 刷牙时用力过猛，或者吃了比较硬的食物，像坚果、脆骨等，就可能擦伤口腔黏膜，从而引发口腔溃疡。比如刷牙时牙刷毛过硬，在刷牙过程中就容易刮伤口腔内侧黏膜，进而形成溃疡。牙齿残根残冠刺激： 口腔里有尖锐的牙齿残根或者不合适的假牙等，长期摩擦口腔黏膜，也会导致口腔溃疡。例如有的患者牙齿有残根，边缘比较锐利，就会不断摩擦对应的口腔黏膜部位，时间久了就会出现溃疡。
二、免疫系统因素
免疫功能紊乱： 当人体免疫力下降时，比如感冒、过度劳累、睡眠不足等情况，就容易引发口腔溃疡。像一些人在考试前熬夜复习，睡眠严重不足，之后就可能出现口腔溃疡。自身免疫性疾病患者，如白塞病患者，更容易反复出现口腔溃疡，这类疾病会使免疫系统错误地攻击自身组织，导致口腔黏膜受损形成溃疡。
三、营养缺乏因素
维生素缺乏： 缺乏维生素B族，尤其是维生素B2、B6等，会影响口腔黏膜的正常代谢，容易引发口腔溃疡。比如长期挑食、偏食的人，很容易出现维生素摄入不足，从而增加患口腔溃疡的几率。微量元素缺乏： 锌、铁等微量元素缺乏也与口腔溃疡有关。锌参与人体多种代谢过程，缺乏锌时会影响细胞的正常分裂和修复，导致口腔黏膜容易受损出现溃疡；铁是合成血红蛋白的重要原料，缺铁会影响身体的供氧等功能，也可能引发口腔溃疡。例如素食者如果不注意补充锌和铁，就更容易出现口腔溃疡问题。