淋菌性咽炎主要通过抗生素治疗，一般选用头孢曲松等药物，通常规范治疗1~2周左右可取得较好效果。
常用治疗药物
头孢曲松： 属于第三代头孢菌素，对淋病奈瑟菌有较好的抗菌活性，能抑制细菌细胞壁的合成，从而发挥杀菌作用，是治疗淋菌性咽炎常用的药物之一。大观霉素： 对淋病奈瑟菌有良好的抗菌作用，可用于对头孢菌素类抗生素过敏的患者。
治疗中的注意事项
性伴侣同时治疗： 淋菌性咽炎患者的性伴侣也需要同时进行检查和治疗，避免在治疗后发生再次感染。一般建议在患者开始治疗后的7天内，性伴侣也要接受相应的检查和处理。避免高危性行为： 在治疗期间以及治愈前，要避免无保护的性行为，防止疾病传播给他人。同时，要注意个人卫生，保持口腔清洁，避免食用刺激性食物，以免加重咽部不适。
特殊人群的治疗考量
孕妇患者： 孕妇患淋菌性咽炎时，用药需要特别谨慎。应选择对胎儿影响较小的抗生素，如头孢曲松，其相对较为安全，但仍需在医生的严格评估和指导下使用，医生会权衡治疗的必要性和对胎儿的潜在风险。儿童患者： 儿童患淋菌性咽炎较为少见，但一旦发生，治疗也需遵循安全有效的原则。通常会选择合适的抗生素，且要根据儿童的体重等情况来确定用药方案，一般不建议使用可能对儿童生长发育有较大影响的药物，必须在儿科医生的专业指导下进行治疗。