淋菌性咽炎主要通过抗生素治疗，一般选用头孢曲松等药物，通常规范治疗后可取得较好效果。
常用治疗药物
头孢曲松： 属于第三代头孢菌素，对淋球菌有较好的抗菌活性，是治疗淋菌性咽炎的常用药物之一，通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌作用。大观霉素： 对淋球菌也有较强的抗菌效果，适用于对头孢菌素类药物过敏等特殊情况的患者，同样是通过干扰细菌蛋白质的合成来达到杀菌目的。
治疗中的注意事项
及时就医诊断： 一旦怀疑自己患有淋菌性咽炎，应尽快到正规医院就诊，通过分泌物涂片、培养等检查明确诊断，避免自行用药延误病情。性伴侣同时检查治疗： 淋菌性咽炎往往是通过性接触传播，所以患者的性伴侣也需要同时进行检查和治疗，否则容易出现重复感染，一般建议在治疗期间避免无保护性行为。
特殊人群的情况
孕妇患者： 孕妇患淋菌性咽炎时用药需格外谨慎，应选择对胎儿影响较小的抗生素，如头孢曲松等，但具体用药必须在医生的严格指导下进行，因为不合适的药物可能会影响胎儿的正常发育。儿童患者： 儿童患淋菌性咽炎相对较少见，若发生，用药要严格遵循儿童用药的剂量和原则，一般也会优先选择相对安全且有效的抗生素，并且要密切观察用药后的反应，确保治疗安全有效。
治疗后的随访
定期复查： 在完成治疗后，需要按照医生的要求定期进行复查，通过复查的相关检查项目来判断病情是否完全治愈，一般可能需要在治疗后的1 - 2周左右进行复查，以确保淋球菌被彻底清除。观察症状恢复情况： 患者自身也要留意症状的恢复情况，如咽部的红肿、疼痛等症状是否逐渐减轻直至消失，如果在治疗后症状没有改善甚至加重，需要及时告知医生，以便调整治疗方案。