肠功能紊乱可以使用一些调节肠道菌群、缓解症状的药物。一般来说，常用的药物有双歧杆菌四联活菌片、枯草杆菌二联活菌颗粒等，不过具体用药需根据个体情况而定。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 它含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等四种有益菌，能补充肠道有益菌，调节肠道菌群平衡，改善肠功能紊乱引起的腹泻、便秘等症状。该药物适用于因肠道菌群失调导致的肠功能紊乱人群，但对该药物过敏者禁用。枯草杆菌二联活菌颗粒： 里面包含枯草杆菌和屎肠球菌，可直接补充正常生理菌丛，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生和吸收，达到调整肠道内菌群失调的目的，对肠功能紊乱有一定的调节作用。不过，服用时要注意用低于40℃的温水或牛奶冲服，避免温度过高破坏活菌活性。
缓解胃肠动力类药物
多潘立酮： 能促进胃肠道蠕动，加快胃排空，缓解因胃肠动力不足引起的肠功能紊乱相关症状，如腹胀、早饱等。但孕妇及哺乳期妇女慎用，对多潘立酮过敏者禁用。莫沙必利： 可促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，改善功能性消化不良、肠功能紊乱引起的各种症状。不过，严重肾功能不全者需慎用，并且与抗胆碱药物合用时可能会减弱其作用。
对症治疗药物
复方消化酶胶囊： 含有多种消化酶，如胃蛋白酶、胰蛋白酶等，能促进食物消化，改善因消化功能不良导致的肠功能紊乱。但急性胰腺炎患者及胆道完全闭锁患者禁用，服用时不可嚼碎。匹维溴铵： 是一种对胃肠道具有高度选择性解痉作用的钙拮抗药，可缓解肠功能紊乱引起的腹痛、腹胀等症状。孕妇禁用，服药时切勿咀嚼或掰碎药片，应整片吞服。