肠胃功能紊乱可以使用调节胃肠动力的药物、调节肠道菌群的药物等。一般来说，常用的调节胃肠动力药物有多潘立酮等，调节肠道菌群的药物有双歧杆菌四联活菌片等。
调节胃肠动力的药物
多潘立酮： 能增加胃肠道的蠕动和张力，促进胃排空，缓解腹胀、早饱等症状。它主要作用于胃肠壁，可使食管下部括约肌张力增高，防止胃食管反流。不过，孕妇慎用，哺乳期妇女使用时应停止哺乳。莫沙必利： 选择性地促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道运动，改善功能性消化不良引起的胃肠功能紊乱症状，如烧心、反酸、恶心、呕吐等。老年人使用时需注意观察，如有不适及时就医。
调节肠道菌群的药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能补充肠道有益菌，调整肠道菌群平衡，改善因肠道菌群失调引起的腹泻、便秘等肠胃功能紊乱问题。婴幼儿服用时，可将药片碾碎后用温水送服。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 以活菌进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌等有益菌具有促进生长作用，从而调整肠道菌群失调，改善肠胃功能。儿童用药时需在成人监护下进行。
抑制胃酸分泌的药物
奥美拉唑： 属于质子泵抑制剂，能抑制胃酸分泌，可缓解肠胃功能紊乱伴有胃酸过多引起的胃痛、反酸等症状。严重肾功能不全者及婴幼儿禁用，老年人使用时要注意监测。兰索拉唑： 同样是质子泵抑制剂，作用机制与奥美拉唑类似，通过抑制胃酸分泌来改善肠胃功能紊乱相关的不适。孕妇、哺乳期妇女慎用，肝功能不全者需慎用并监测。