肠功能紊乱可以使用一些调节肠道菌群的药物等，比如常用的双歧杆菌四联活菌片等，一般通过合理用药能改善症状，但具体用药需根据个体情况。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 它含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能调节肠道菌群平衡，改善肠功能紊乱引起的腹泻、便秘等症状。一般来说，成人一次3片，一日3次。但2岁以下幼儿不建议自行服用，需在医生指导下使用。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 可促进肠道有益菌生长，抑制有害菌繁殖，对肠功能紊乱有一定调节作用。成人一次2粒，一日3次；儿童剂量需酌减，且要遵医嘱。
解痉止痛类药物
匹维溴铵片： 主要用于缓解肠功能紊乱引起的腹痛症状。它是选择性作用于胃肠道平滑肌的钙拮抗剂，能特异性地抑制胃肠道平滑肌的收缩。成人常用剂量为一次1片，一日3次，进餐时服用。孕妇需慎用，哺乳期妇女用药也需咨询医生。曲美布汀片： 能调节胃肠道运动节律，对肠功能紊乱导致的胃肠道运动功能失调有改善作用。可用于治疗腹痛、腹泻、便秘等症状，成人一次0.1 - 0.2g，一日3次，具体剂量可根据病情调整。老年人用药时需密切观察，必要时遵医嘱调整剂量。
止泻类药物
蒙脱石散： 如果肠功能紊乱出现腹泻症状，蒙脱石散可以使用。它能在肠道内形成一层保护膜，吸附肠道内的病菌和毒素，起到止泻作用。成人一次1袋（3克），一日3次；儿童1岁以下一日1袋，分3次服用；1 - 2岁一日1 - 2袋，分3次服用；2岁以上一日2 - 3袋，分3次服用。服用时需将蒙脱石散溶于50毫升温水中搅匀后服用。洛哌丁胺胶囊： 适用于控制急、慢性腹泻的症状。但5岁以下儿童禁用，5岁以上儿童如出现严重腹泻可在医生指导下慎用。成人首次剂量4mg，以后每次不成形便后2mg，一般一日不超过16mg。