同房时阴茎疼痛存在多种原因，包括男女配合不佳、姿势不当，男性患有阴茎海绵体硬结症，男性存在尿道炎、包皮龟头炎等泌尿生殖系统感染等情况。对此需要患者及时就医，明确具体原因，如咨询性爱技巧、检查泌尿生殖腺体健康状态等，并依据不同原因选择合适的处理方式。
一、男女配合不好，姿势不正确：
1.在性生活中，若男女配合不好，致使女性阴道分泌液体不足，出现阴道干涩，就会引发同房时阴茎疼痛，同时姿势不正确也会有此现象。
2.这需要性伴侣双方加强沟通与配合，共同探索，找到适合的性爱姿势。在初期可尝试使用避孕套等情趣用品来增加阴道的润滑度。
二、男性合并阴茎海绵体硬结症：
1.当男性患有海绵体硬结症时，即男性海绵体有纤维样斑块出现，部分患者会有阴茎勃起时疼痛的表现，且可在阴茎海绵体摸到硬块，还有部分患者可能会伴有阴茎勃起弯曲等状况。
2.可通过阴茎B超检查进行诊断，治疗方式主要以保守的药物治疗为主，对于情况严重且阴茎硬结稳定的患者，可通过手术切除斑块。
三、男性尿道炎：
1.当男性患者合并尿道炎时，就会导致性生活时阴茎疼痛。
2.需要立刻完善尿常规、微生物培养及药敏检测，采用敏感抗生素进行处理，同时应当避免性生活，实行夫妻同治，以防止交叉感染。
四、包皮龟头炎：
1.当男性患者合并细菌性、真菌性包皮龟头炎时，会在性生活时出现阴茎疼痛，同时伴有包皮异常分泌物等情况。
2.需要患者外用红霉素软膏、酮康唑软膏等抗菌药物进行处理，治疗期间夫妻双方应进行有保护措施的性生活，且实行夫妻同治。
总之，对于同房时阴茎疼痛的情况，要明确原因后采取针对性措施进行处理，以保障性生活的健康与和谐。