肌肉酸痛的原因有多种。一般来说，运动过量是常见原因之一，比如长时间不运动后突然进行高强度运动，像连续慢跑30分钟以上，身体会产生乳酸等代谢产物，就容易导致肌肉酸痛，这种情况通常在运动后1 - 2天内比较明显。
运动相关因素导致的肌肉酸痛
剧烈运动初期： 当进行快速短跑等短时间高强度运动时，肌肉需要快速供能，而此时氧气供应相对不足，会通过无氧呼吸产生乳酸，乳酸堆积就会引发肌肉酸痛。运动后延迟性酸痛： 通常在运动后24 - 48小时出现，比如进行了登山运动，第二天腿部肌肉可能会明显酸痛，这是因为运动造成了肌肉微细结构损伤，身体修复过程中会引发炎症反应，从而导致酸痛。
疾病因素引起的肌肉酸痛
感染性疾病： 像流感病毒感染，除了有发热、咳嗽等症状外，也可能伴随全身肌肉酸痛，这是因为病毒感染引发身体的免疫反应，导致肌肉出现酸痛感。自身免疫性疾病： 例如类风湿关节炎，患者会出现关节周围肌肉酸痛，同时还伴有关节肿胀、疼痛、僵硬等症状，病情活动期时肌肉酸痛可能会比较明显。
药物副作用导致的肌肉酸痛
他汀类药物： 部分人在服用降血脂的他汀类药物后，可能会出现肌肉酸痛的副作用，不过这种情况相对较少见，一般在开始服药后的几周内可能会发生，具体发生率因个体差异有所不同。抗抑郁药物： 某些抗抑郁药物也可能导致肌肉酸痛等不良反应，具体情况因人而异，有些人服用后可能会感觉到肌肉有不适的酸痛感。