月经干净三天同房后流血，可能由多种原因引起。比如，可能是宫颈方面的问题，像宫颈息肉，它是宫颈组织增生形成的赘生物，同房刺激后容易出血；也可能是排卵期出血，一般月经周期规律的女性，月经干净三天可能接近排卵期，由于雌激素水平短暂下降，子宫内膜失去激素支持而少量脱落，导致出血，这种情况通常出血量较少，持续1~3天。
宫颈因素导致的出血
宫颈息肉：宫颈息肉是慢性宫颈炎的一种表现，它的蒂部血管比较丰富，同房时受到摩擦就容易破裂出血。如果是宫颈息肉引起的出血，可能需要进一步做妇科检查来明确，发现息肉后可考虑在门诊小手术摘除。宫颈炎：宫颈炎分为急性和慢性，慢性宫颈炎时宫颈局部组织比较脆弱，同房刺激后也可能出现出血情况。急性宫颈炎可能还伴有白带增多、发黄等症状，慢性宫颈炎可能没有明显的急性症状，但同房后会有少量出血。
子宫因素导致的出血
子宫内膜炎：子宫内膜炎是子宫内膜的炎症，炎症刺激下子宫内膜充血，同房时子宫收缩可能导致内膜小血管破裂出血。子宫内膜炎患者可能有下腹部坠胀、疼痛，白带增多且可能有异味等表现。子宫肌瘤：黏膜下子宫肌瘤向宫腔内生长，其表面的内膜供血不足，容易发生溃疡、感染，同房时受到刺激就会引起出血。较大的子宫肌瘤还可能导致月经改变，比如经量增多、经期延长等。
其他可能因素
阴道损伤：同房时如果动作过于粗暴，可能会导致阴道黏膜损伤而出血。这种情况一般出血相对较明显，可能当时就能发现阴道有破损的情况。比如，性生活中姿势不当或者用力过猛，就可能造成阴道壁的擦伤等。内分泌失调：除了排卵期出血，长期的内分泌失调也可能影响子宫内膜的状态，导致同房后出血。比如多囊卵巢综合征患者，由于内分泌紊乱，子宫内膜不规则脱落，也可能出现同房后出血的情况。