衣原体、支原体感染的症状因感染部位不同而有所差异。一般来说，泌尿生殖系统感染时，男性可能出现尿道刺痒、灼热感，伴有不同程度的尿频、尿急、尿痛，尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，量少；女性感染后可能出现白带增多、子宫颈水肿、充血等。呼吸道感染时，常表现为咳嗽，可为干咳或少量咳痰，部分人可能伴有发热，体温一般在38℃左右，也有少数人会出现高热。
泌尿生殖系统感染症状表现
男性泌尿生殖系统： 除了尿道刺痒、灼热、尿频、尿痛、尿道口轻度红肿、分泌物稀薄量少外，部分人可能会出现附睾炎，表现为附睾肿大、疼痛、触痛明显。女性泌尿生殖系统： 除白带增多、子宫颈水肿充血外，可能会出现阴道瘙痒，性生活时可能有疼痛不适，严重的还可能影响受孕，导致输卵管炎症等。
呼吸道感染症状表现
咳嗽特点： 多为刺激性干咳，持续时间较长，有的可能会持续数周甚至更长时间。比如儿童支原体肺炎引起的咳嗽，往往较为剧烈，夜间咳嗽可能会更明显。发热情况： 体温一般是中等度热，在38℃左右，但也有部分人会出现高热，体温可达39℃以上，发热持续时间因人而异，有的可能持续1 - 3周。
其他部位感染症状
眼部感染： 如果是衣原体引起的眼部感染，可能出现眼睛发红、疼痛、异物感、流泪、分泌物增多等症状，分泌物一般为黏液性或脓性。咽部感染： 支原体、衣原体感染咽部时，可能会有咽部不适、疼痛、咽干等症状，有的还可能伴有声音嘶哑。