大姨妈来腰疼可能由多种原因引起，其中生理性原因较为常见，比如前列腺素分泌增加。在月经期间，子宫内膜会合成并释放较多的前列腺素，前列腺素增多可引起子宫平滑肌过强收缩、血管痉挛，造成子宫缺血、缺氧状态，从而出现腰疼，一般这种情况在月经来潮的1-2天比较明显，多数女性的腰疼程度较轻，不影响正常生活。
生理性因素导致的腰疼
子宫内膜前列腺素作用： 月经期间，子宫内膜产生的前列腺素增多，除了会引起子宫收缩导致腹痛外，还可能引起盆腔、腰部等部位的肌肉痉挛性收缩，进而引发腰疼。一般随着月经的结束，前列腺素水平逐渐恢复正常，腰疼也会随之缓解。盆腔充血影响： 月经时盆腔处于充血状态，盆腔充血可能会刺激周围的神经，从而导致腰部出现坠胀、酸痛感，尤其是本身盆腔有轻微炎症等情况的女性，这种充血引起的腰疼可能会更明显一些。
病理性因素导致的腰疼
子宫内膜异位症： 子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位时称为子宫内膜异位症，当异位的内膜出现在盆腔腹膜、卵巢等部位时，在月经期间，异位的内膜也会出现出血情况，刺激周围组织，引起腰疼，而且这种腰疼往往会随着经期逐渐加重，有的女性还可能伴有痛经进行性加重、性交痛等症状。盆腔炎： 女性盆腔内存在炎症时，月经期间身体抵抗力相对较低，炎症可能会加重，炎症刺激会导致盆腔充血、水肿，进而引起腰疼，同时还可能伴有下腹部疼痛、白带增多等症状，盆腔炎引起的腰疼一般在经期前后或经期时较为明显。子宫腺肌病： 子宫肌层内出现异位的子宫内膜腺体及间质时称为子宫腺肌病，患者在月经期间，异位的内膜腺体充血、出血，使子宫体积增大，刺激子宫平滑肌收缩，从而引起腰疼，疼痛程度因人而异，部分女性腰疼较为剧烈，还可能伴有经量增多、经期延长等表现。
其他可能因素
腰部本身问题： 有些女性本身可能存在腰部肌肉劳损、腰椎间盘突出等腰部疾病，在月经期间，由于身体的激素变化、盆腔充血等因素，可能会诱发或加重腰部原本的疼痛，让女性感觉大姨妈来的时候腰疼更明显。比如本身有腰椎间盘突出的女性，月经期间盆腔充血，可能会对腰部神经的压迫刺激加重，导致腰疼加重。精神心理因素： 部分女性在月经期间可能会因为精神紧张、焦虑等情绪因素，导致对疼痛的敏感度增加，感觉腰疼更明显，而且这种精神心理因素引起的腰疼可能会随着情绪的变化而有所波动。