来大姨妈腰疼的原因可能有以下几种：
1.生理结构原因：女性的盆腔通过输卵管与子宫相连，而子宫的位置又处于后位，所以来大姨妈时，脱落的子宫内膜碎片可能会随着经血倒流，经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，压迫腰部神经，导致腰疼。
2.前列腺素分泌增加：大姨妈期间，女性体内的前列腺素分泌会增加，前列腺素会导致子宫平滑肌过强收缩、血管挛缩，从而引起子宫缺血、乏氧状态，进而导致腰疼。
3.其他原因：来大姨妈时，女性体内的激素水平会发生变化，可能会导致身体出现水肿，腰部的肌肉、筋膜等组织也会出现水肿，从而引起腰疼。此外，来大姨妈时，女性的身体比较虚弱，如果不注意保暖，腰部受到寒冷刺激，也可能会引起腰疼。
以上是来大姨妈腰疼的一些常见原因，具体原因可能因人而异。如果腰疼症状比较严重，建议及时就医，以便明确病因，并进行针对性治疗。